Об арифметике и палеонтологии

Posted: 07.08.13 in Научное

Научные журналисты взяли новую высоту – разоблачили фальсификацию в журнале Nature.  Оказывается, “только «Газета.Ru» додумалась до того, чтобы проверить вычисления учёных. ” Ну да, ну да. Все эти редакторские оценки, потом 4 рецензента с  индексом цитирования “первая двадцатка в данной области”, потом обязательное обсуждение – это всё тьфу и растереть. Газета.ру – вот флагман науки!

Там в статье много чего интересного, приведу лишь наиболее яркий пример:”Напомним, что, как следует из слов Фрэда Спура из описательной статьи в Nature, оба вида жили бок о бок 500 тысяч лет. Но из приведённых там же дат следует, что разница – всего 110 тысяч лет. Довольно точная датировка означает и соответствующую погрешность. В данном случае – не больше пары десятков тысяч лет. А если погрешность становится больше, то теория профессора Спура тем более летит в трубу, потому погрешность растёт в обе стороны. И если, скажем, вместо 1,44 млн лет и 1,55 млн лет написать 1,4 млн и 1,5 млн соответственно, то тогда погрешность уже составит 100 тысяч лет. И обе даты можно смело менять местами. Результат всё равно окажется в пределах погрешности.”Берём текст статьи, читаем:

Previously, the most recent occurrence of H. habilis was at 1.65 Myr ago or older (OH 13, Supplementary Note 3)20–22. KNM-ER 42703 now provides a reliable and substantially younger age of 1.44 Myr. The earliest occurrence of specimens with affinities to H. habilis is at approximately 2.33 Myr ago at Hadar (A.L. 666)4, but H. habilis (sensu stricto) first appears in eastern Africa at about 1.9 Myr ago (for example, OH 24)21,23. Diagnostic evidence of H. erectus appears in the African record at about the same time (that is, KNM-ER 2598)2,16, and the youngest African fossils attributed to that taxon are dated to circa 1.0 Myr ago (for example, OH 12, Daka, KNM-OG 45500)19,24,25.

Для тех, кому лень переводить: “Человек умелый” жил в Восточной Африке, как оказалось, с 1.9 до 1.44 миллиона лет назад. “Человек прямоходящий”, согласно предыдущим публикациям и ранее собранным другими палеонтологами материалам, жил там же с 1.9 по 1.0 миллиона лет назад. Итого, они существовали вместе на одной территории 1.9-1.44=0.46 миллиона лет. Что было описано как “около 500 тысяч лет”. При этом нахождение в одном месте останков одного и другого, притом останков близкого возраста, является дополнительным подтверждающим фактом. Однако, как видно, решение такого уровня арифметической задачи научным журналистам Газеты.ру не по силам.

Тут у меня оформились первые подозрения по поводу механизма написания статьи. А подтвердились они, когда я прочитал “Supplementary materials”  и главу “Methods” основного текста. Опять цитата:

KNM-ER 42700 was found in situ in ‘Area 1’ by F.K.M. Almost fully embedded in a matrix of coarse sandstone and carbonates, only a small area of the right temporal bone and of the right supraorbital torus was exposed. This specimen was recovered from strata above IL02-043, and 1.5m below the Main Ileret Caliche. Therefore its age is between 1.53 and 1.61 Myr, probably within the interval 1.55+-.01 Myr, assuming constant sedimentation rates between IL02-043 and the Main Ileret Caliche. KNM-ER 42703 was found by John E. Kaatho in Area 8. It was ex situ, coated in carbonate matrix, on the brown mudstone and sandstone sequences between the Lower Ileret Tuff and the Chari Tuff. Assuming constant sedimentation rates between these dated levels, the probable age is 1.44+-.01 Myr. This is consistent with the age of the ‘Main fish bed’, estimated to have formed at about 1.42 Myr ago (ref. 28), and also with the youngest measured ages (1.47+-.013 Myr) of materials from the Okote Tuff Complex at Koobi Fora 26″

Снова кратко о сути: найденные останки имеют возраст 1.55+-0.01 и 1.44+-0.01 миллиона лет. При этом кости Homo erectus (человека прямоходящего), который возник и вымер позже Homo habilis (человека умелого – см. выше), старше, чем останки Homo habilis . И эта разница – статистически достоверна. Собственно, как на мой разум неспециалиста, именно это и делает материал достойным публикации в Nature.

Но отсюда же и видно, что расуждать и предполагать насчёт статистического разброса датировки не надо было, в статье всё указано. 

Вывод: авторы статьи в Газете.ру статью в Nature прочитать не удосужились.

Вся статья в Газете.ру – набор передёргиваний, недобросовестности, поверхностности и дикого авторского самомнения. Однако последняя фраза – святая правда: “Хотя, читая иногда в СМИ перепечатки научных глупостей, начинаешь в этом сомневаться.” Видимо, трезвая оценка своего труда у авторов всё-таки присутствует.

Задача сумевшим прочесть до конца.
Кто предложит, как можно охарактеризовать таких  добросовестных, грамотных и внимательных журналистов этого серьёзного и аккуратного издания? Потому что, кроме мата, лично я ничего придумать не могу.

P.S. Писавшим в аську: разбирать идиотизм, навороченный журналюгами по поводу полигамии у человека – сил моих нет. Сами, дальше сами.
P.P.S. По поступившим просьбам: оригиналы статьи и сопроводительных материалов. Статью в Газете.ру начали перекраивать, хоть и без изменений по сути. Но у меня сохранён оригинальный вариант. Кому интересно – пишите, пришлю или выложу.

Advertisements
Comments
  1. ivashka says:
  2. igorivanov says:

    Опять-таки, краткая суть: найденные останки имеют возраст 1.55+-0.1 и 1.44+-0.1 миллиона лет

    Вы тут пропустили нулики. 0.01 миллиона лет. А в остальном полностью поддерживаю.

  3. shao_s says:

    Да, виноват. “+-” не копировался, делал вручную – потому пропустил. Сейчас исправлю.

  4. ircmaan says:

    Донес до них содержание твоего поста. Посмотрим на реакцию

  5. shao_s says:

    До них – это до кого?

  6. ircmaan says:

    там под статьей можно было комменты написать.
    правда, НАМ не видны они.

  7. shao_s says:

    А! Да я Лёше Паевскому ещё раньше по аське дал понять, что авторы… не буду повторять, в общем. Не потому что стесняюсь: пока что обсуждение статьи на такой градус не вышло :о)

  8. ivashka says:

    Никто и не говорит, что доктор Спур не писал того, что он написал. Однако же, давайте будем последовательными. Единственный аргумент Спура за 500 тысяч лет – это череп KNM 2598 (вернее, кусочек затылочной части), который, во-первых, нельзя однозрачно отнести к H. erectus, а, во-вторых, датировка его косвенная, основанная на уровне, где он лежал, а не на возрасте самой костной ткани. Опять же, находка двух таких смачных черепов и обнаружение пересечения двух хомо по времени и пространству – прекрасный материал для статьи. Но нахрена же ж огород городить? “Кустистая эволюция”… Бр-р-р…

  9. shao_s says:

    И вам тоже: пожалуйста, прочтите полностью оригинальный текст. В качестве объяснения – цитата из человека, отписавшегося выше (igorivanov):

    “В телефонном интервью автор работы сказал (если, конечно, доверять точности цитирования, чему я, уже наученным множеством примеров, склонен не доверять):
    “chaotic kind of looking evolutionary tree rather than this heroic march that you see with the cartoons of an early ancestor evolving into some intermediate and eventually unto us”
    Т.е. автор вовсе не утверждает, что сами ученые считали, что эволюция была линейной, а тут бац, оказалась древо. Ученые-то это и так знали в целом; для них был в новинку лишь короткий отрезок этого куста, связанный с H.habilis и H.erectus, но не все древо. А вот всякие попсовые упрощенные картинки действительно всё изображают в виде линейного прогресса.
    Наконец, интерпретация самого The Washington Times: все подается в таком виде, словно для ученых самих было шоком, что эволюция не линейная, а древовидная.
    Я здесь вижу такую вещь: ученый пытался объяснить по телефону, что попсовые упрощенные картинки неверны, а журналисты подали так, словно сами ученые придерживались этих картинок. Вот вам и источник сенсации.”

    Так что авторы там никакого “огорода” не городили. “Городили огород” насчёт “кустистой эволюции” исключительно журналисты – то ли те, кто писал в Вашингтон Таймс, то ли ваши. Но ваши даже не потрудились прочесть оригинальный текст. Не хотите ли поставить им это на вид?
    И вы правда считаете, что в редакции Nature, а также среди 4-х рецензентов, не нашлось человека, способного отнять 1.44 от 1.55? Никаких подозрений такая необычайная лёгкость опровержения у вас не вызвала?

  10. ircmaan says:

    если что – мне тоже подобные вещи интересны, так что – делись :)

  11. igorivanov says:

    Но нахрена же ж огород городить? “Кустистая эволюция”… Бр-р-р…

    Вы оригинал прочитали?
    Вы понимаете, что огород нагородили уже потом сами журналисты?

    Вот прочтите мой подробный комментарий о том, какие утверждения на каком этапе появились в этой истории.

    На всякий случай (если лень читать и это), вынесу кусочек сюда:

    3. В телефонном интервью автор работы сказал (если, конечно, доверять точности цитирования, чему я, уже наученным множеством примеров, склонен не доверять):

    “chaotic kind of looking evolutionary tree rather than this heroic march that you see with the cartoons of an early ancestor evolving into some intermediate and eventually unto us” (выделение мое)

    Т.е. автор вовсе не утверждает, что сами ученые считали, что эволюция была линейной, а тут бац, оказалась древо. Ученые-то это и так знали в целом; для них был в новинку лишь короткий отрезок этого куста, связанный с H.habilis и H.erectus, но не все древо. А вот всякие попсовые упрощенные картинки действительно всё изображают в виде линейного прогресса. А журналисты это подали так, словно сами ученые придерживались этих картинок.

    ———
    Но на самом деле речь исходно была не про это; это все мелочи по сравнению с борьбой с “арифметическими ошибками”. :)

  12. igorivanov says:

    :)

  13. ivashka says:

    К сожалению, нет. Потому что даже за время оей работы в качетстве редактора отдела “Наука” “Газеты.Ru” Nature несколько раз лажалось. Впрочем, основной журнал – лишь с корейцем (Хван который, У Сук). А вот в Letters периодически проскакивает нечто не совсем достоверное. Вернее, что-то, что подаётся как нечто довольно увесистое, а на деле опровергается просто на раз. Как, например, работа японских товарисчей, которые сильно-сильно усовершенствовали степень клонирования человеческих эмбриональных стволовых клеток. И получили в итоге раковую опухоль. Кстати, как и доктор Спур, они слегка оговаривались в тексте насчёт суперности своих достижений. То есть, задницу свою всё же прикрыли. Видать, не первый год замужем. Но так как пересказчики и переводчики очень классно умеют заменять “Видимо, это так ” на просто “Это так”, то и получилась громогласная сенсация.

  14. ivashka says:

    Читал, конечно. Представляю, как Спур читал свои слова в АР и матерился :)

  15. shao_s says:

    Хорошо. Будем считать, что Nature – это что-то вроде “Вестника лесопромышленности Приангарья”.

    А куда деть обличительный пафос статьи в вашей газете? Который основывается на отнимании одной цифры от другой, при этом одна из них не имеет отношения к дискутируемому в оригинальной статье временному интервалу? А потом у этой триумфально вычисленной разности ещё и стандартную ошибку ваши журналисты неправильно считают: ну понятно ж, научному журналисту – за каким чёртом себе мозги элементарной матстатистикой утруждать?

    Собственно, основной вопрос: вы действительно считаете, что ТАКОЕ можно публиковать? А если опубликовано – оставлять без последствий?

  16. shao_s says:

    А насчёт арифметики в вашей статье – у вас никаких сомнений в правильности нету, да? Замечательно. А это ведь действительно куда серьёзнее, чем степень уверенности в “кустистости”.

  17. shao_s says:

    Даю вам 10 минут на исправление либо удаление коммента. После этого уже сдерживаться не буду.

  18. ivashka says:

    Ок, с ошибками мы налажали самостоятельно. Что не меняет общих выводов.

  19. ivashka says:

    repared

  20. shao_s says:

    Нет, выводы это меняет. И принципиально. Смотрите:

    1. Разница между черепами – 110 тысяч лет. Но промежуток в 500 тысяч лет вычислется вовсе не исходя из разности между этими находками. Посчитали её так:
    “Человек умелый” жил в Восточной Африке, как оказалось, с 1.9 (данные множества более ранних исследований, начиная с Лики) до 1.44 миллиона лет назад (находка, описанная в статье). “Человек прямоходящий” (данные более ранних исследований), жил там же с 1.9 по 1.0 миллиона лет назад. Итого, они существовали вместе на одной территории 1.9-1.44=0.46 миллиона лет. Что было описано как “около 500 тысяч лет”. При этом нахождение в одном месте останков одного и другого, имеющих близкий возраст, является дополнительным подтверждающим фактом.
    Повторяю ещё раз: временной интервал, который опровергают ваши журналисты, был получен не так, как они пишут. Разность 1.55 и 1.44 вообще не имеет отношения ни к чему. С тем же успехом можно вычитать температуру за окном.
    Найденные экспедицией Спура останки имеют возраст 1.55+-0.01 и 1.44+-0.01 миллиона лет. При этом кости Homo erectus (человека прямоходящего), который возник и вымер позже Homo habilis (человека умелого), старше, чем останки Homo habilis. И эта разница – статистически достоверна. Это даёт гораздо более серьёзные основания (наряду с нахождением в одном почвенном слое) считать, что эти виды жили вместе в одной местности.
    В этом, собственно, и заключается главная сенсация статьи. А вовсе не в “кустистости” какой-то.
    В статье все цифры даны со стандартной ошибкой. А стандартная ошибка разности вычисляется не как сумма ошибок основы и вычитаемого. Она вычисляется по следующей формуле: mz=SQR(mz1^2 + mz^2). В вашем случае это будет SQR(10^2 + 10^2)= 14.14, или квадратный корень из двухсот. А вовсе не 20, как у вас и ваших журналистов.

  21. a_s_g_a_r_d says:

    Т.е. автор вовсе не утверждает, что сами ученые считали, что эволюция была линейной, а тут бац, оказалась древо. Ученые-то это и так знали в целом; для них был в новинку лишь короткий отрезок этого куста, связанный с H.habilis и H.erectus, но не все древо. А вот всякие попсовые упрощенные картинки действительно всё изображают в виде линейного прогресса. А журналисты это подали так, словно сами ученые придерживались этих картинок.

    совершенно верно, просто, судя по данным с википедии:
    about homo habilis
    An older (1963) finding from the Olduvai site found by N. Mbuika had included a lower jaw fragment, teeth and upper mandible possibly from a female dating 1.7 million years old.

    т.е. известный до этого промежуток сосуществования составлял < 0.2 myr, тк

    The remains from 3 skeletons demonstrated australopithecine-like body with a more human-like face and smaller teeth.

  22. shao_s says:

    А журналисты что – статью в Nature пересказывали, или Википедию? Если Википедию – надо было так и сказать :о) Тогда – никаких претензий.

  23. a_s_g_a_r_d says:

    я не про журналистов – факт ошибки на лицо, я про факт кустистой эволюции. =)

  24. shao_s says:

    Где? Только что обновил ваш шедевр – всё так же:
    “Однако учёные ошиблись в подсчётах времени, которое провели вместе два вида.
    Напомним, что, как следует из слов Фрэда Спура из описательной статьи в Nature, оба вида жили бок о бок 500 тысяч лет. Но из приведённых там же дат следует, что разница жизни «бок о бок» – всего 110 тысяч лет.”

  25. mike67 says:

    Про саму статью в Газете мне спорить не интересно, но раз уж просили ответить здесь, скажу. У меня два тезиса, означенных ранее.
    1) нет оснований говорить о независимой эволюции h.habilis и h.erectus. Их параллельное существование в течение нескольких сот тысяч лет было известно и ранее.
    2) высказывания Спура, цитированные AP, точно характеризуют его взгляды и обусловлены убежденностью в невозможности параллельного существования эволюционно родственных видов. Эта точка зрения характерна для школы Лики. В частности Ричард говорил об этом применительно к черепу KNM-ER 3733.

  26. mike67 says:

    Igorivanov ссылается на свой коммент к моему посту. На этот коммент я раньше ответил ему практически тем же текстом, что и Вам. Про то, что ребята, копающие в Кооби Форе, уже 30 лет городят про “кустистую эволюцию”.
    Дискуссия закольцевалась.

  27. ircmaan says:

    а ведь я всего лишщь передал содержимое этого поста в редакцию :)

  28. shao_s says:

    2. Раз коммент стёрли – напишу без нецензурщины.

    Что мы видим? Мы видим, что журналисты Газеты.ру не читают оригиналы реферируемых ими статей, а работают по чужим пересказам. А эти пересказы тоже перевирают.
    Даже после прочтения верных цифр в пересказе они не могут понять, как эти цифры получены. И своё непонимание превращают в сенсацию.

    Вы – редактор отдела “Наука”. Но и вы, мало того, что не прочли оригинал после указания на ошибки, вы ещё и не удосужились прочесть мой пост. Я вырезал ключевые цитаты и привёл их с переводом – вы не прочли даже этого.

    Кроме того, вы и ваши журналисты пишут о естественно-научных проблемах. В данной статье весь разоблачительный пафос основан на вычислении разности не имеющих отношения к основному тезису статьи величин, и манипуляции их стандартными ошибками. При этом ни вы, ни ваши журналисты не знают, как вычисляется стандартная ошибка разности.

    Не считаете ли вы, что:

    а) Такие журналисты не могут претендовать на статус “пишущих о науке” и публиковаться в минимально уважающем свою репутацию издании?
    б) При наборе журналистов в ваш отдел следует проверять знание ими элементарных вещей в областях, о которых они пишут? А при незнании – добиваться изучения ими таких вещей?
    в) Для вас, как редактора отдела “Наука”, является позором делать ошибки, которые не прощают первокурсникам естественнонаучных ВУЗов?

  29. shao_s says:

    Хорошо, для внесения свежего материала:
    1. Если прочесть текст оригинальной статьи, а не пересказ с пересказа в Вашингтон Таймс с пересказа в Ассошиeйтед Пресс, данный Газетой.ру, то видно, что независимое развитие указанных видов людей а) для научной группы, статью опубликовавшей, не было неожиданностью и б) они строго доказали, что такое существование занимало заметно больший, чем ранее считалось, промежуток времени.
    2. В высказываниях Спура в АР были были смещены акценты, а в Газете.ру они уже были извращены до потери смысла.

  30. damantych says:

    ну, положим, это сделал не ты ;))) Серега мне стукнул в аську, я стукнул другому Сергею – редактору ;) это проще и быстрее. К слову, до твоих писем мы доберемся только сегодня.

  31. ivashka says:

    Пока не проведут точную экспертизу возраста черепа NME 2598, дальнейшую дискуссию считаю бессмысленной.

  32. ircmaan says:

    а я аж удивился :)
    Тем лучше, что вы еще быстрее сработали

  33. progenes says:

    Скажите пожалуйста, а Вы во всем так “разбираетесь”? http://www.gazeta.ru/science/mrakobesie/1738070.shtml

    То есть “Во-вторых, они понятия не имеют, как именно действует их фермент.” вряд ли равно “The mechanism of Y-27632’s action in blocking apoptosis is an intriguing question that awaits future investigation.”

    И еще, вы думаете, что тезисы на конференции автора с одной публикацией в реферируемом журнале могут послужить весомым аргументом в полемике с Nature Biotechnology Letters?

    “То есть получается, что группа доктора Сасаи просто научилась превращать эмбриональные стволовые клетки человека в раковые опухоли.” НА ОСНОВАНИИ ЧЕГО сделан этот душераздирающий вывод? Может стоит подождать, пока Глушанкова, Айолло и Васильев напишут полноценную статью в Nature Biotechnology Letters, чтобы убедиться на основании какий экспериментов сделаны такие выводы?

    А где можно прочитать ваше объяснение квантовой механики на 900 знаков?

  34. mike67 says:

    Я и не говорил, что это для них стало неожиданностью. Но они сами и раструбили об этом так, будто это неожиданность. Высказывание Спура вряд ли было извращено. Ибо ничего нового в теорию эволюции это исследование не внесло. Не представляю, как его можно было извратить, поскольку информационного повода для высказываний об эволюции попросту не было.

    Призыв обратиться к статье в Nature выглядит очень странно – будто Спур писал научную статью, а интервью AP и другим давал уже я.

    Насчет строгих доказательств спорить невоозможно – перемерить серию черепов и проверить слои никто из нас не может. Скажу лишь, что палеонтологи и археологи выбирают обычно самые удобные датировки из всех возможных. Точной датировки слоев очень смущает. Что еще – неясно, почему KNM-ER 42703 с их-то склонностью к умножению сущностей не был объявлен карликовым подвидом. С интерпретацией этого фрагмента в ближайшие годы наверняка еще будут приключения.

  35. shao_s says:

    Это следует понимать так, что и методику вычисления стандартных ошибок, принятую у вас в редакции, вы считаете непогрешимой?

  36. shao_s says:

    Высказывание Спура именно что было извращено. См. объяснение Иванова:
    http://shao-s.livejournal.com/142180.html?thread=1756004#t1756004

  37. mike67 says:

    Я читал объяснение Иванова. Объяснение же Спура заставляет предполагать только одно: его открытие стало информационным поводом для заявления об эволюции более сложной, чем изображено на популярных схемках. Эволюции вообще или эволюции гоминид – неважно. Эти схемки, разумеется, не изображают всего дерева, а лишь ту его часть, которая идет прямо. У каждой формы существовала предковая форма. Вопрос в том, как ее распознать.
    Я по-прежнему не вижу никакого повода для попсовых рассуждений о “героическом марше” и его отсутствии. Нынешняя схемка, если принять рассматриваимые результаты, даже применительно к гоминидам не стала более сложной. Меняются звенья, последовательность, появляются слабые звенья, но принцип схемы остается прежним.

    Между прочим, взятая с потолка интерпретация результата – профессиональная болезнь всех “копальщиков”. Много раз такое встречал. Это не говорит плохо о них, как о профессионалах, это их отличительная черта. Она объясняется тем, что плоды большой работы выглядят обычно малопривлекательными. Хочется вписать их в более широкий контекст. На этой стадии профенссионал оставляет свои знания в стороне и начинает фантазировать. Нет у них умения вовремя поставить точку.

    Что же касается “Газеты”, то, благодаря ей, я обратил внимание на несостыковки. И все. Сами же они интерпретировали их совершенно неверно, в частности, повелись на отсутствие пояснений насчет 500 тыс. лет и написали чушь про полигамию.

  38. shao_s says:

    Кстати, как я только что узнал, по крайней мере один из авторов статьи заканчивал биофак МГУ. Тем не менее о статистике применительно к биологическим данным представления не имеет ни малейшего.

  39. mike67 says:

    “Газета” вообще странно себя повела в этом эпизоде. Такое впечатление, что у них главред отлучился куда-то.

  40. igorivanov says:

    Кстати, безотносительно к перлам Газеты.ру, сама по себе эта история кажется очень интересной. Вот что я нашел в палеоантропологическом блоге (автор John Hawks), в сообщении, посвященном обсуждаемой статье.

    Вначале говорится, что пересечение по времени H.habilis и H.erectus уже антропологам было давно известно, однако год назад передатировка некоторых находок поставила это пересечение под сомнение.

    “… The consensus that Homo habilis and Homo erectus overlapped in time was thrown completely open by the redating. This paper by Spoor and colleagues, by presenting both a new H. erectus specimen and a very late H. habilis specimen, was directed toward this problem. If they are right, it re-establishes the status quo…”

  41. Что-то у меня в Файрфоксе дизайн вашего сайта расползается…

    Ну, не знаю… Другие вроде не жаловались.

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s